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经常会在MALDI中看到Na峰和K峰，钠和钾来源于溶剂水。即便是蒸馏水和去离子水也会 含有痕量的钠离子和钾离子，无法完全除去。它们在进行质谱分析时也会离子化并与肽的自由羧基结合。因为没有纯化水的系统将水中的钠离子和钾离子除去，所以有时候在MALDI MS图谱中出现钠峰和钾峰也是再所难免的。
